Untuk mendukung penyelenggaraan agenda habitat di tiap negara, PBB meminta negara anggotanya membentuk organisasi komisi nasional habitat atau national habitat committees (NHCs). Di Indonesia, NHCs dibentuk dalam format kesekretariatan yaitu Sekretariat Nasional Habitat Indonesia (Seknas Habitat).

Seknas Habitat adalah bagian dari Kementerian Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat (Kementerian PUPR) yang bertanggung jawab diantaranya untuk melaksanakan agenda habitat nasional maupun internasional, serta menyiapkan dokumentasi dan informasi pembangunan perumahan dan permukiman.

Cikal bakal pendirian seknas ini dimulai dari pembentukan Komite Nasional Agenda Habitat yang telah dibentuk pada tahun 2001 oleh Presiden Abdurrahman Wahid. Akhirnya terbentuklah institusi yang berbentuk kesekretariatan yaitu Seknas Habitat Indonesia pada tahun 2008.

Beberapa fungsi Seknas Habitat meliputi:

1. Penyusunan kebijakan dan program untuk meningkatkan akses perumahan dan layanan dasar yang terjangkau, terutama bagi rumah tangga dan masyarakat berpenghasilan rendah
2. Pengkoordinasian program pembangunan perumahan dan perkotaan di tingkat nasional regional, maupun lokal
3. Pemberian bantuan dan dukungan teknis kepada pemerintah daerah, masyarakat, serta LSM dalam pengembangan dan pelaksanaan program pembangunan perumahan dan perkotaan
4. Pengumpulan dan penyebarluasan data serta informasi tentang masalah perumahan dan pembangunan perkotaan di Indonesia
5. Pemberian fasilitas kemitraan antara pemerintah, sektor swasta, serta masyarakat sipil untuk mendorong pembangunan perumahan dan urbanisasi yang berkelanjutan.

Implementasi Habitat merupakan tugas semua pemangku kepentingan, tidak hanya pemerintah pusat maupun pemerintah daerah. Oleh karena itu, keterlibatan semua pihak adalah suatu keharusan.